Tijekom II. svjetskog rata radionica je djelovala u sklopu Hrvatskih državnih željeznica NDH, a u razdoblju 1943−45. poslovanje je svedeno na 30–40% predratnih kapaciteta. Nakon rata, u kojem sama radionica nije bila izložena ratnim oštećenjima, oštećene su gotovo sve lokomotive, pa je radionica preuzela obnovu željezničkoga voznog parka. Godine 1947. preimenovana je u Željezničku radionicu Zagreb. Dodijeljeni su joj remont i održavanje električnih lokomotiva i motornih vlakova preuzetih od Italije, a od 1955. i remont dizelskih lokomotiva. U razdoblju 1947−57. poduzeće je u više stotina četveroosovinskih i dvoosovinskih putničkih vagona te vagona za spavanje zamijenilo drvene oplate metalnima te moderniziralo njihovu unutrašnjost. Sredinom 1950-ih, nakon što je 1952. izdvojeno iz Glavne direkcije Jugoslavenskih željeznica, poduzeće (tada pod nazivom Ivan Krajačić) počelo je proizvoditi vagone za poštanski promet, a poslovanje je preusmjereno i na projektiranje i proizvodnju novih vozila – vagona i strojeva (brusilica, prikolica, okretnih postolja, dizalica). Od 1954. do 1959. poduzeće je poslovalo pod imenom Radionice željezničkih vozila Zagreb, a 1959. promijenilo je naziv u Tvornica za izradu i popravak željezničkih vozila Janko Gredelj Zagreb u čast revolucionara, narodnoga heroja, koji je u njoj radio kao metalostrugar. Od 1962. poduzeće nosi naziv Tvornica željezničkih vozila Janko Gredelj Zagreb.